Э. К. Трутнев является экспертом в области правового обеспечения рынка недвижимости, правового градорегулирования, включая территориальное планирование, градостроительное зонирование, планировку территории, правовое и расчётно-экономическое обеспечение проектов комплексного освоения и развития территорий.
Имеет опыт участия в разработке и обеспечении прохождения проектов нормативных правовых актов федерального уровня (Земельный кодекс РФ, Градостроительный кодекс РФ), регионального уровня (проект закона о благоустройстве для города Москвы), местного уровня (генеральный план города Перми и план его реализации; правила землепользования и застройки для городов Великий Новгород, Казань, Хабаровск, Самара, Нижний Новгород, Екатеринбург, Пермь, Ноябрьск; местные нормативы градостроительного проектирования для Хабаровска, Перми).
Ведёт преподавательскую деятельность в Высшей школе экономики, является профессором Высшей школы урбанистики.
Имеет около 200 публикаций, в том числе около 30 книг и брошюр по вопросам правового градорегулирования, агломерационного управления, обеспечения инвестиционно-строительной деятельности, снятия административных барьеров в сфере строительства.